吴忠市人民医院设置33个临床科室，10个医技科室，14个行政职能科室，9个临床教研室，15个市级质控中心。心血管内科被自治区卫建委确定为国家级临床重点建设专科、自治区级临床重点建设专科，现有市级临床重点专科11个。已成功备案4个自治区临床医学研究中心。创建了国家级标准版胸痛中心，自治区级综合卒中中心、自治区Ⅱ级创伤中心及市级危重新生儿救治中心、危重孕产妇救治中心。